نشأت عمادة الدراسات العليا بجامعة طيبة مع نشأة الجامعة في عام 1424هـ، وكان إنشاؤها تمشياً مع اللائحة الموحدة للدراسات العليا بالجامعات السعودية التي تنص على أن ينشأ عمادة للدراسات العليا في كل جامعة، وقد حصلت العمادة على مبنى مؤقت وبدأ وضع الأسس والقواعد التي تسير عمل العمادة منذ إنشائها، وكان هناك برنامجان للدراسات العليا في كل من كليتي التربية والدعوة.

والعمادة ناشئة تسابق الزمن من أجل تهيئة الأجواء المناسبة لتنفيذ برامج الدراسات العليا بالجامعة ويتوفر لدى العمادة مقر مؤقت في قسم الطلاب وآخر في قسم الطالبات، ويوجد بكل منهما قسم للتسجيل يحوي سجلات الطلاب ويجري العمل حالياً على تأسيس قواعد بيانات إلكترونية لسجلات الطلاب وأخرى للأعمال الإدارية والمتابعة.