يهدف المعهد إلى تحقيق عدد من الأهداف العامة أهمها ما يلي :
1. إعداد أئمة وخطباء للمساجد ذوي كفاءة علمية عالية .
2. تلبية احتياجات المساجد في المملكة العربية السعودية من الأئمة والخطباء .
3. تنمية قدرات الأئمة والخطباء ومن هم على رأس العمل .
4. النهوض برسالة المسجد من خلال البحوث والدراسات والتدريب .
5. الإسهام في تحقيق الوحدة الفكرية للمجتمع وسد باب الخلاف .