يقوم هذا القسم بمهمة تدقيق كافة المستندات والمعاملات المالية الواردة للإدارة المالية للصرف مثل مستحقات منسوبي الجامعة والطلاب (كالرواتب، العمل الإضافي، البدلات، المكافآت الشهرية، ...الخ) وكذلك المعاملات المالية المتعلقة بوحدات الجامعة (كتأمين مشتروات أو صرف عهد مستديمة أو مؤقتة، أو تسوية عهد هذه الوحدات...الخ) كما يقوم بتدقيق كافة أوامر الصرف المتعلقة بمستحقات المقاولين لقاء عقود (التوريد، الإيجار، التغذية، التشغيل، الصيانة، النظافة، النقل، ...الخ).