نشأت العمادة بعد إعلان فصل فرع جامعة الملك عبد ا لعزيز بالمدينة المنورة عن الجامعة بجده عام 1425هـ، وأنشئت المكتبة المركزية بنشأة كلية التربية في عام 1397/ 1398هـ، وبعد إعلان قيام جامعة طيبة بالمدينة المنورة أصبحت عمادة شؤون المكتبات إحدى العمادات المساندة بالجامعة، ولها ثلاثة فروع، أحدها بكلية الطب بالجامعة، والثاني بشطر الطالبات، والفرع الثالث بقسم الدعوة.