يؤدي الدليل التنظيمي دور مهم في تحديد مهام واختصاصات إدارة المراجعة الداخلية في الجامعة وكذلك الأقسام في الإدارة ومسؤولياتها تجاه تنفيذ اعمالها الرقابية وكذلك يحدد مسئولية كل قسم أمام مدير إدارة المراجعة الداخلية ومسؤولية الاخير أمام معالي مدير الجامعة , وبعد الإطلاع على اللائحة الموحدة لوحدات المراجعة الداخلية في الأجهزة الحكومية والمؤسسات العامة الصادره بقرار مجلس الوزراء الموقر رقم 129 وتاريخ 6/4/1428 هـ وبناء على المادة السادسة من اللائحة الموحدة لوحدات المراجعة الداخلية في الأجهزة الحكومية والمؤسسات العامة , تم إنشاء إدارة المراجعة الداخلية بالجامعة بموجب القرار الإداري لمعالي مدير الجامعة الأستاذ الدكتور / منصور بن محمد النزهة , رقم 222/ق وتاريخ 22/6/1428 هـ .
ووفقاّ للقرار الإداري رقم 558/ق وتاريخ 24/12/1429 هـ تم إصدار الدليل التنظيمي لإدارة المراجعة الداخلية والتي ترتبط بمعالي مدير الجامعة مباشرة .