نشأة كلية العلوم بجامعة طيبة بالمدينةالمنورة بناءً على موافقة المقام السامي الكريم رقم7/ ب/5538 وتاريخ 20/4/1418هـ ، وقد بدأت كلية العلوم بقسمين علميين هما قسم الفيزياء وقسم الرياضيات ، تلا ذلك وبعد سنة من التأسيس إنشاء ثلاثة أقسام جديدةهي (قسم الأحياء ، قسم الكيمياء ، قسم الحاسب الآلي الذي أصبح فيما بعد كلية مستقلة) ، وقد بدأت الكلية بقبول الدفعة الأولى من أبنائها في عام 1418/1419هـ بعدد 50 طالباًوطالبة ، ثم بلغ عدد الطلاب المنتظمين في الكلية مع نهاية العام الجامعي 1428/1429هـ (2748 طالباً وطالبة) موزعين على الأقسام العلمية المختلفة.
وتضم كلية العلوم خمسة أقسام علمية:
· قسم الرياضيات
· قسم الكيمياء ويضم شعبتين هما :
- الكيمياء العامة (مفعلة)
- شعبة الكيمياء الصناعية
· قسم الفيزياء
· قسم الأحياء ويضم أربعة شعب هي :
- شعبة الأحياء الدقيقة (مفعلة)
- شعبة النبات
- شعبة الحيوان
- شعبة الجيولوجيا
· قسم الكيمياء الحيوية ( لم يفعل بعد)
جميع هذه الأقسام تمنح درجتي البكالوريوس والماجستير في التخصص في شطر الطلاب، أما في شطر الطالبات فإن الأقسام المفعلة التي تمنح درجتي البكالوريوس والماجستير هي : قسم الأحياء والرياضيات والكيمياء.