يوجد بالكلية أربعة أقسام وهي:-

1- قسم الفيزيـــــاء:
من أوائل الأقسام العلمية، الذي تزامنت بدايته مع نشأة الكلية، وهو أحد أقسام الكلية عندما كانت فرعاً لجامعة الملك عبد العزيز بالمدينة المنورة عام 1397 هـ تحت أسم قسم الفيزياء والرياضيات.
 

2- قسم الرياضيات:
من أوائل الأقسام العلمية، التي نشأت مع قيام الكلية ، وهو أحد أقسام الكلية عندما قامت ضمن فرع جامعة الملك عبد العزيز بالمدينة المنورة عام 1397 هـ تحت اسم قسم الفيزياء والرياضيات.
 

3- قسم الكيميـــــاء:
نشأ القسم بكلية العلوم بالقرار السامي رقم 7/ت/1262 وتاريخ 23/1/1420هـ. لزيارة قسم اليكياء إضغط هنا .

4- قسم الأحياء:
هو أحد الأقسام العلمية الذي بدأ مع نشأة كلية التربية فرع جامعة الملك عبد العزيز بالمدينة المنورة عام 1397هـ تحت أسم قسم العلوم الطبيـعيـة. ثم صـدر الأمــر الســامي بنقله إلى كليــة العـلـوم عام 1420هـ ويضم أربعة شعب هي:-

1- الكائنات الدقيقة . 2- النبـــــــاتات .
3- الحيـــــــــــوان . 4- الجيــولوجيا .