صدر التوجيه السامي الكريم برقم  7/ب/10466 وتاريخ 1/4/1423هـ بإنشاء كلية علوم الحاسبات بالمدينة المنورة لتكون ضمن منظومة كليات الجامعة بالمدينة المنورة وصدر التوجيه السامي الكريم رقم 5640/م.ب وتاريخ 22/4/1426 هـ بإعادة هيكلة الجامعة. وبذلك تضم كلية علوم وهندسة الحاسبات خمس أقسام هي:

•  قسم علوم الحاسبات .

•   قسم نظم المعلومات الحاسوبية .

•   قسم الشبكات ونظم الاتصالات .

•   قسم البرمجة والتطبيقات.

•   قسم هندسة الحاسب.