ترجع بداية كلية علوم التأهيل الطبي إلى عام 1402 هـ حيث كانت بدايتها تحت مسمى المعهد الصحي للبنين تحت مظلة الإدارة العامة للكليات والمعاهد الصحية التابعة لوزارة الصحة، ثم تحولت إلى كلية العلوم الصحية للبنين في عام 1424 هـ. ثم انتقلت تبعية كلية العلوم الصحية من وزارة الصحة إلى وزارة التعليم العالي بموجب أمر سامي كريم نص على نقل تبعية الكليات الصحية من وزارة الصحة إلى وزارة التعليم العالي الذي بموجبه تم انتقال تبعية كلية العلوم الصحية من إدارة المعاهد والكليات الصحية بإدارة الصحة بمنطقة المدينة المنورة الى جامعة طيبة، ومن ثم انضمت كلية العلوم الصحية إلى جامعة طيبة تحت مظلة وزارة التعليم العالي في شعبان عام 1429 هـ، ثم بدأت الدراسة في كلية علوم التأهيل الطبي عام 1432 هـ بعد أن تم إعادة هيكلة كلية العلوم الصحية للبنين بعد موافقة خادم الحرمين الشريفيين رئيس مجلس الوزراء ورئيس مجلس التعليم العالي - يحفظه الله - على إعادة هيكلة كلية العلوم الصحية للبنين في شهر شعبان عام 1432 هـ، وتم استحداث برامج صحية جديدة في تخصصات تأهيلية تضم قسم العلاج الطبيعي، العلاج الوظيفي، الأطراف الصناعية والأجهزة المساعدة، علاج السمع والتخاطب، والعلاج التنفسي. وتمنح هذه البرامج درجة البكالوريوس وتتناسب مخرجاتها مع احتياجات سوق العمل، وتعمل على إعداد كوادر وطنية متميزة وتأهيلها للعمل في المرافق الصحية المختلفة. ​ ​ ​