أنشأت كلية العلوم الطبية التطبيقية في عام ١٤٢٦ هـ بتوجيه كريم سامي من مقام خادم الحرمين الشريفين بتغيير مسمي كلية الطب والعلوم الطبية إلى كلية الطب. ثم تم إنشاء كلية العلوم الطبية التطبيقية لتكون بذلك ثاني كلية صحية بجامعة طيبة بالمدينة المنورة. وتم إنشاء الكلية بهدف تلبية حاجة المجتمع من الكوادر الصحية المؤهلة في شتي المجالات الطبية التشخصية والوقائية لتواكب في تأهيلها مستوى الخدمة الصحية المتطورة وترقي الي مستوى التقدم العلمي والتقني في المجالات الصحية عامة. وتتكون كلية العلوم الطبية التطبيقية من الأقسام الأكاديمية التالية: قسم علوم المختبرات السريرية، قسم التغذية السريرية، قسم الأشعة التشخيصية.