الإدارة العامة للمشاريع والتشغيل مسؤولة عن تخطيط وتنفيذ ومتابعة المشاريع التشغيلية بالجامعة لضمان سير العمل بكفاءة وجودة عالية، مع الإشراف على صيانة وتشغيل المرافق والخدمات.