الإدارة العامة للمشاريع والتشغيل مسؤولة عن تخطيط وتنفيذ ومتابعة المشاريع التشغيلية بالجامعة، بما يضمن سير العمل بكفاءة وجودة عالية، مع الإشراف على صيانة وتشغيل المرافق والخدمات. وتعمل الإدارة وفق منهجية واضحة وموثقة لإدارة المشاريع تستند إلى المعايير العالمية وأفضل الممارسات المطبقة في الجامعات السعودية، لضمان جودة وكفاءة مخرجات جميع عمليات دورة المشروع وتحقيق رضا كافة منسوبي الجامعة من طلاب وطالبات وأعضاء هيئة تدريس وموظفين.

وتشمل مهام الإدارة تطوير وتحديث الوثائق الفنية للمشاريع، مثل معايير التصميم والمواصفات الفنية وجداول الكميات وفئات الأسعار، إضافة إلى إعداد وتطوير الدليل المعرفي للإشراف على تنفيذ المشاريع. كما تعمل على أتمتة عمليات إدارة المشاريع والوثائق الفنية والهندسية، وإعداد وتحديث دليل أسعار مواد البناء والقوى العاملة لتقدير التكاليف بدقة في مراحل الدراسة والتصميم والتنفيذ.

وتولي الإدارة اهتمامًا برفع كفاءة ومهارات الكوادر الهندسية والفنية والتقنية وتحسين بيئة العمل، مع استقطاب الخبراء المتميزين وتوطين المعرفة، وضمان المحافظة الدائمة على كفاءة المعدات والتجهيزات والنظم، والتخطيط الشامل لعمليات التشغيل والصيانة لجميع المرافق والمنشآت الجامعية لضمان أفضل أداء مستدام.