بفضل الله سبحانه وتعالى تم إنشاء كلية الطب بفرع جامعة الملك عبد العزيز بالمدينة المنورة بناء على قرار مجلس التعليم العالي رقم 2/11/1419 في 13/2/1419هـ وموافقة المقام السامي بالتوجيه الكريم رقم 167/8 بتاريخ 29/3/1419هـ. وبدأت الدراسة بالسنة الأولى بالكلية للطلاب والطالبات في بداية العام الجامعي 1421/1422 هـ بأقسام علم الأحياء والكيمياء الطبيعية بكلية العلوم بفرع الجامعة بالمدينة المنورة حيث تم تدريس المواد التحضيرية إضافة إلى مواد متطلبات الجامعة مثل اللغتين العربية والإنجليزية والدراسات الإسلامية وتكنولوجيا المعلومات في كلية التربية بفرع الجامعة.
وفي بداية العام الجامعي 1422/1423هـ بدأت الدراسة بالسنة الثانية بالكلية للطلاب والطالبات بأقسام الكيمياء الحيوية السريرية والتشريح ووظائف الأعضاء التي تم إنشاؤها في ذلك الحين. وفي بداية العام الجامعي 1423/1424 هـ تم إنشاء ثلاثة أقسام جديدة هي علم الأمراض والطفيليات والكائنات الدقيقة لاستكمال تدريس المقررات المطلوبة لطلاب وطالبات السنة الثالثة بالكلية. هذا وقد تم اعتماد البرنامج الدراسي لكلية الطب البشري بجامعة الملك عبد العزيز بجدة ليكون هو الأساس لتدريس المقررات المختلفة، والذي يعتمد تقسيم الخطة الدراسية للكلية على النظام السنوي، يتم تدريس العلوم الطبية الأساسية خلال الثلاث سنوات الأولى يليها تدريس المرحلة الإكلينيكية خلال الثلاث سنوات التالية بالإضافة إلى سنة تدريبية (امتياز) بإحدى المستشفيات الجامعية.
وقد تم تزويد الأقسام العلمية بالأجهزة الحديثة اللازمة لإجراء التجارب العملية بالمختبرات الخاصة لكل قسم كما تم تزويد قاعات الدراسة بأجهزة العرض السمعية والبصرية كذلك تم تزويد المكتبة بالمراجع الحديثة، وقد أنشأت الكلية الأقسام الإكلينيكية المختلفة لاستكمال البرنامج التعليمي للكلية الذي يشمل السنوات الرابعة والخامسة والسادسة من خلال استقطاب الكوادر العلمية المتخصصة من أعضاء هيئة التدريس والتعاون مع إدارة وأقسام مستشفى الملك فهد المجاور للجامعة ومستشفى أحد ومستشفى المدينة للنساء والولادة والأطفال ومستشفى الأنصار.
وتهدف الكلية من خلال البرنامج التعليمي الطبي إلى تخريج أطباء وطبيبات يتمتعون بالمهارات والمعلومات الأساسية التي تؤهلهم لممارسة العمل كأطباء امتياز بإشراف الأقسام الإكلينيكية ومتابعة التخصص في فروع الطب المختلفة مستقبلا.
وفي سبيل تحقيق هذه الأهداف فقد وضعت الكلية في اعتبارها أهمية تطوير البرنامج الدراسي بحيث يلبي احتياجات طبيب العصر الحاضر وما آل إليه التقدم المتسارع في العلوم الطبية الحديثة ولذلك فقد قامت الكلية بتشكيل لجنة المناهج وذلك لمتابعة تطبيق الخطة الدراسية والعمل على تطويرها بما يحقق التناغم بين التطلعات المستقبلية وبين الإمكانيات الحالية.
هذا وقد اهتمت الكلية منذ بداية إنشائها بالأنشطة الطلابية اللاصفية فقامت بتشكيل اللجان الثقافية والرياضية والاجتماعية والتوعية الإسلامية وكان من أبرز أنشطتها إسهام الفرق الرياضية المختلفة في مسابقات دوري الجامعة كذلك مساهمة طلاب الكلية في المسابقات الثقافية حيث أحرزوا نتائج طيبة. وقد خرجت الكلية أول دفعة من طلابها في عام 1428هـ.
