يهدف البرنامج إلى بناء وتطوير توجه بحثي متميز للجامعة يعزز من مكانتها  البحثية من خلال تطوير بيئة بحثية محفزة وتوجيه الجهود البحثية نحو الابتكار عبر تحديث أولويات البحث وتجهيز المراكز البحثية بأحدث التقنيات، وتطوير الأبحاث التطبيقية كما يعمل البرنامج على تعزيز ثقافة الإبداع وتوفير بيئة تحفظ حقوق المبتكرين والعمل على نقل التقنية مما يمكن الجامعة من تحويل الأفكار الإبداعية إلى مشاريع قابلة للتطبيق  لتعزيز مكانة الجامعة كوجهة بحثية رائدة تواكب المتغيرات العالمية وتستجيب لتحديات التنمية.

مبادرات البرنامج

• دعم النشر العلمي الموجه
• (أبحاث طيبة) تطوير البحث العلمي بما يتوافق مع احتياجات منطقة المدينة المنورة 
• حوكمة عمليات البحث والنشر العلمي وتعزيز النزاهة العلمية
• تطوير البنية التحتية للبحث العلمي ودعم المجموعات البحثية
• تجهيز وتأهيل المراكز البحثية الممولة
• جائزة جامعة طيبة للتميز البحثي والابتكار
• (منارة الابتكار) تعزيز منظومة الابتكار وتطوير القدرات الريادية والملكية الفكرية 
• تفعيل نقل التقنية وتسويقها